Le Prix Jean Jerphagnon s'appuie sur un comité d'organisation, constitué en février 2008, qui compte les membres suivants :

Le comité d'organisation est mandaté jusqu'à la fin de l'année 2009.

Il a la responsabilité des tâches suivantes :
- collecter les fonds assurant la mise en oeuvre du prix Jean Jerphagnon
- décider et mettre en place la stratégie de communication
- rédiger et diffuser l'appel à candidatures
- constituer le jury de sélection
- vérifier les dossiers et préparer le travail du jury
- définir et organiser la cérémonie de remise du Prix
- veiller à prendre en charge tous autres travaux visant à la bonne gestion et à la permanence du Prix